飞秒激光并不一种手术方式，而是一种激光切削前的制瓣方法，不同于常规手术人工用板层刀制瓣的方法，而是应用激光来制作角膜瓣的。
角膜瓣通过由两个部分构成的切除术形成：角膜瓣深度形成水平切面和后形成部分圆弧形切面(侧切面)从水平切面延伸至角膜表面。侧切面的一个部分不接受治疗，形成角膜瓣蒂。
飞秒激光脉冲精确聚焦在角膜中产生单个微小的空间，但各微小的空腔的位置由软件控制在角膜中反复高速移动的激光脉冲获取，成千上万个几乎重迭的单脉冲飞秒激光形成了成千上万微小的空腔，成千上万微小的空腔相连分离角膜组织而获得设计的手术效果。
任何激光近视手术都有两个过程，一是制造角膜瓣，二是掀开角膜瓣，根据患者的情况进行激光切削。飞秒激光在近视手术中的应用就是制造角膜瓣，相比用板层刀制作角膜瓣，飞秒激光会给患者带来更加舒适的感受。
